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黄精实时荧光定量PCR内参基因的筛选
王世强;党凯凯;牛俊峰;强毅;王喆之;本研究采用实时荧光定量PCR(quantitative Real-t Time PCR,q RT-PCR)筛选适用于黄精(Polygonatum sibiricum)的内参基因。利用黄精转录组数据库,筛选8个候选内参基因,18S核糖体r RNA基因(18S-r RNA,18S)、肌动蛋白基因(Actin,ACT)、细胞色素基因(cytochrome,CYP)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、α-微管蛋白基因(α-Tubulin,TUA)、β-微管蛋白基因(β-Tubulin,TUB)、多聚泛素酶基因(ubiquitin 5,UBQ 5)和(ubiquitin 10,UBQ 10)。应用q RT-PCR技术检测这8个候选内参基因在黄精不同组织器官中(根,根茎,茎,叶,花和种子)的表达情况。利用Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3种统计学软件综合评价8个内参基因的表达稳定性。研究结果表明,TUB在黄精不同组织部位中表达稳定性最好,运用q RT-PCR技术研究黄精器官基因表达时,可选用TUB作为内参基因。确定黄精q RT-PCR分析的合适内参基因,为后续相关基因表达研究奠定基础。
不同施肥处理对茶树根际微生物群落结构的影响
钱玮;陈宏伟;张铭连;金琎;邱劲;胡翠英;为探究不同施肥处理对茶树根际微生物的影响,于2016年1月在苏州某茶园设置3个实验组:CF(传统化肥)、CF+BF (传统化肥+菌肥)、CK (对照),采用荧光定量PCR和扩增子高通量测序分别测定细菌的生物量和物种组成。实验数据表明:茶树根际优势细菌为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、酸杆菌门和拟杆菌门,平均相对丰度分别为33.51%、29.47%、12.18%、7.53%和5.68%;施用传统化肥后土壤中细菌含量显著增加(p<0.05),达(7.37±1.23)×109 copies/g;CF+BF组与CK组没有显著差异;施肥组(CF, CF+BF)中细菌的物种数、辛普森多样性、香浓多样性和谱系多样性均显著低于对照组;CF组中芽孢八叠球菌属和CF+BF组中Chitinophagaceae含量显著增加,而两组中Ellin329含量显著低于对照组。本研究揭示了施肥方式与土壤细菌群落结构的关系,为合理施肥提供了理论依据。
基于蛋白互作网络分析SNRPB在肝癌发生中的作用
李康智;王小燕;莫之婧;本研究旨在探讨SNRPB影响肝细胞癌发生的分子机制及其与患者预后的关系。利用Oncomine数据库分析SNRPB基因在肝细胞癌中的表达水平,从GEO数据库GSE14520中筛选出与SNRPB共表达的基因,STRING构建蛋白互作网络,Cytoscape识别网络模块进行聚类分析,Kaplan-Meier法分析SNRPB基因表达与肝细胞癌预后的关系。Oncomine数据库中3个数据集均显示SNRPB在肝细胞癌组织中高表达,SNRPB共表达基因构建的蛋白互作网络中识别出3个网络模块,GO分析发现网络模块中涉及基因主要参与有丝分裂细胞周期和G1/S有丝分裂细胞周期的转变等生物过程,KEGG分析发现网络模块中涉及基因主要参与细胞周期和DNA复制等信号通路,此外肝细胞癌中SNRPB基因表达水平与患者预后相关。上述结果表明,SNRPB可能通过调控细胞周期信号通路影响肝细胞癌的发生,可以作为一个候选的肝细胞癌临床预后标志物和潜在的治疗靶点。
植被与土壤生物群落的反馈调节关系
张思琪;赵季平;马梦星;张亚妮;越来越多的研究表明地上植被和地下土壤生态有着密不可分的联系。地上植被通过根际和凋落物改变土壤理化性质并影响土壤生物群落结构及组成,相反,土壤生物群又通过自身的生理生化过程及行为影响地上植被的多样性。二者通过反馈和负反馈将整个地上与地下生态系统的特异性程度巩固和加强。本文将具体讨论地上植被与土壤生物是如何相互相作用并影响各自的生态特征。
293T细胞中SQSTM1/p62-GFP的表达及其与LC3在诱导自噬状态下的定位分布
游金;杨光铭;徐丽明;罗达;卢春花;为探究SQSTM1/p62蛋白在细胞发生自噬时的定位,以人肺腺癌A549细胞的cDNA为模板,PCR扩增SQSTM1基因(编码p62蛋白)并将其插入pEGFP-N1真核表达质粒。将重组质粒转染进入人胚肾293T细胞中表达p62绿色荧光融合蛋白(GFP-p62),利用Earle's盐平衡溶液饥饿诱导细胞自噬,Western blotting和激光共聚焦显微镜检测GFP-p62的表达及其与自噬相关蛋白LC3在自噬细胞中的定位。结果发现,重组载体pEGFP-N1-p62转染293T细胞后,293T细胞能高效表达GFP-p62融合蛋白,内源性p62所占细胞内总p62比例很低。饥饿诱导后细胞自噬体形成,LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ的比例明显增高,p62蛋白表达下调。同时还发现,GFP-p62在自噬细胞中仅定位于大多数自噬体且与LC3共定位,小部分自噬体及自噬体以外区域没有明显GFP-p62分布。本研究建立了一种通过p62-GFP与LC3的共定位检测人胚肾293T细胞自噬时p62蛋白和LC3聚集体的有效方法,提示了使用内源性p62低表达细胞作为研究p62和细胞自噬的优势,也将有助于开展关于p62在细胞中定位与其生物学功能关系的研究工作。
不同生长温度对烟草叶片黄酮类化合物含量及其代谢途径的调控
张刚;逄涛;王莎莎;黎旺姐;杨利云;李军营;马俊红;龚明;本研究以生长在3个不同温度(均温18.5℃,均温23.5℃,均温28.5℃)人工气候室中的"云烟87"为材料,运用液相色谱质谱联用法、分光光度法和荧光定量PCR法,研究了不同生长温度对烟叶生长发育过程中黄酮类化合物芸香苷和山奈酚-3-O-芸香苷含量、代谢相关酶活性及相关基因表达的影响。结果表明:随着烟草叶片的生长发育,黄酮类化合物代谢相关基因表达呈先降低后升高的趋势,从而调控了黄酮类化合物代谢相关酶活性的变化趋势为先降低后升高,使得黄酮类化合物中的芸香苷含量变化趋势为先降低后升高,山奈酚-3-O-芸香苷的含量则呈逐渐降低的趋势。此外,与生长在较高生长温度(均温23.5℃和均温28.5℃)下的叶片相比,较低生长温度(均温18.5℃)上调了烟草叶片类黄酮代谢相关基因PAL、C4H、4CL、CHS、F3H、F3'H和FLS的基因表达,提高了类黄酮代谢关键酶PAL、C4H、4CL和CHI的活性,促进了黄酮类化合物芸香苷和山奈酚-3-O-芸香苷的积累(p<0.05),表明较低的生长温度(均温18.5℃)有利于黄酮类化合物在烟草叶片中的积累。
荷花(Nelumbo nucifera)全基因组PRR基因家族鉴定及其在多种非生物胁迫下的表达模式
汪仲毅;程志鹏;顾伟卓;赵晗茜;葛奇;杨冬梅;赵琬玥;杨自云;陈龙清;胡慧贞;为了探究荷花(Nelumbo nucifera)伪应答调控蛋白(pseudo-response regulators, PRR)NnPRR家族成员的特征及其在非生物胁迫响应中的作用，通过生物信息学分析，将7个NnPRR基因从荷花全基因组中挖掘出来，对其基因结构、蛋白保守基序、顺式作用元件及共线性关系等进行了鉴定分析，并利用实时定量PCR技术探究各基因分别在外源施加300 mmol/L NaCl、 5 mmol/L水杨酸(salicylic acid, SA)及4℃低温处理下的表达模式。研究结果表明，该家族基因在荷花中可分为3个分支，集中分布在chr2、chr3、chr5和chr6染色体上，该家族蛋白均定位于细胞核。该家族基因在启动子区域发现大量光响应元件，且一些基因还具有低温、茉莉酸甲酯及脱落酸等响应元件。从基因的表达模式上看，NnPRR基因家族7个基因均正向响应外源NaCl处理，而NnPRR2、NnPRR4、NnPRR3等基因则特异性响应外源SA或低温胁迫，推测该家族基因特异性参与荷花非生物逆境胁迫。本研究结果为深入研究荷花PRR基因家族响应逆境胁迫提供了理论基础，也为抗逆新品种的选育提供了新的基因资源。
Mstn基因敲除小鼠肌肉和C2C12细胞的转录特征分析
景新阳;莫家远;王楠;刘永刚;牟玉莲;林鑫;黄雷;朱振东;李奎;肌肉生长抑制素(Myostatin, Mstn)作为TGF-β超家族的成员，是一种调控骨骼肌生长发育的负调节因子，其失活可以促进肌肉的发育，在个体上表现为双肌臀等表型。为了探究Mstn基因敲除对肌肉细胞和组织转录组的影响，本研究利用CRISPR/Cas9技术构建了3个Mstn基因敲除的C2C12细胞株，并采集了12只Mstn基因敲除小鼠(Mus musculus)(6公6母)的腓肠肌，分别进行转录组测序分析。结果显示，Mstn基因敲除C2C12细胞增殖能力显著高于野生型细胞的。在Mstn基因敲除的C2C12细胞、公鼠和母鼠中分别鉴定到329、 240、 265个差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)。Mstn基因敲除公鼠和母鼠中鉴定到50个共有DEGs,在下调表达基因中，Myh7、Lmod2、Barx2、Myh2、Myl3和Smtnl1基因显著富集到27条肌肉功能相关通路；Dgat2和Slc27a1显著富集到8条脂质代谢相关通路。Mstn基因敲除C2C12细胞和小鼠中鉴定到4个共有DEGs,其中Fam83d基因是成肌细胞增殖、分化的关键调控基因。综上所述，Mstn基因敲除既可以通过下调Myh7、Lmod2和Fam83d等基因参与肌肉发育调控，也能够通过下调Dgat2和Slc27a1基因调控脂质代谢。
粟酒裂殖酵母线粒体及线粒体RNA的提取
杨艳梅;邹梦婷;商巾杰;粟酒裂殖酵母是一个研究线粒体生物合成的优秀的真核生物模型。本研究利用差速和蔗糖梯度离心法获得了粟酒裂殖酵母线粒体。用BCA法检测了线粒体蛋白浓度,用Western-blot和电子显微镜检测了线粒体纯度以及完整度。以纯化获得的线粒体进行RNAs提取,得到包括t RNA和小RNA在内的线粒体RNA,并用电泳和定量PCR检测了线粒体RNAs的纯度和完整度。结果表明,我们得到了高质量的粟酒裂殖酵母线粒体和线粒体RNAs。线粒体和线粒体RNA制备方法为研究蛋白靶标、蛋白定位和线粒体RNA加工提供了技术工具。
RNA修饰在生殖发育中的研究进展
文君;陈慧芳;乔延召;朱翠;白银山;RNA修饰是表观遗传学调控的重要组成部分，在生命活动中发挥着极其重要的调控作用。随着RNA修饰检测技术的发展，越来越多的RNA修饰类型被鉴定出来，涉及甲基化修饰、羟甲基化修饰、乙酰化修饰和磷酸化修饰等。这些修饰广泛存在于编码和非编码RNA中，在蛋白翻译调控中发挥重要作用。最近的一些研究显示，建立的RNA修饰可在生殖细胞内形成稳定的遗传传递给子代，当RNA修饰发生异常时，会导致配子发育受阻和胚胎发育阻滞等，这些研究显示了RNA修饰在配子形成及胚胎发育过程中扮演的重要调控角色。本文从RNA修饰种类及生物学特性，RNA修饰蛋白家族及其在配子形成和胚胎发育中的调控作用进行综述，以促进和完善生殖发育调控理论研究。