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响应曲面法优化方格星虫多糖提取工艺
陈文;王湘君;邵东旭;李丽蓉;陈壮;孙宏元;陈慧;廖容容;为了优化提取方格星虫多糖工艺实验条件,本研究以海南三亚海域方格星虫为主要原料,用胰蛋白酶作为酶解酶,在单因素实验基础上,采取响应面法研究超声波辅助酶法提取方格星虫多糖最佳工艺条件;探讨了p H值、液料比、超声波时间、酶底比、超声波温度、超声波功率、反应时间等7个因素的交互作用及其最佳水平。结果表明在超声波辅助酶法提取方格星虫多糖的实验过程中,单因素的最佳条件酶底比为2.5%、温度为50℃、浸提时间为2 h、料液比为1:17 g/m L、超声时间为1 h、pH值为8、超声功率为960 W,多糖的最大提取率为3.24%。该方法实验条件要求不苛刻,浸提时间短,提取率高,是一项新的实验尝试,实验结果为优化方格星虫的多糖提取理论参考。
浅谈用户健康信息学的现状及设想
裴雨晨;张堃;杨进;董靖;本文通过对用户健康信息学的起因和发展现状的基本介绍,提出了我国健康信息学未来发展体系的几点设想,即通过构建用户健康信息学体系的基本模型和展开用户健康信息学的科普宣传体系等方法,以方便更多人对健康信息学的理解和利用。
花鲈源海分枝杆菌的分离、基因组测序及比较基因组学研究
张德锋;潘磊;可小丽;刘志刚;潘厚军;石存斌;卢迈新;2015年,广州某养殖场的花鲈(Lateolabrax japonicus)发生细菌性病害,患病花鲈肝脏、脾脏和肾脏有典型的结节症状,病理组织分析表明,肝脏、脾脏和肾脏等器官组织中有大量肉芽肿,而且组织中分布大量抗酸的杆状细菌。从6尾患病花鲈内脏中分离到6株形态相似的菌落,然后对其中一株病原菌HL1506菌株进行基因组测序,分析结果表明该病原菌为海分枝杆菌(Mycobacterium marinum)。HL1506菌株的基因组大小为6.34 Mb,GC含量为65.68%,编码5 406个基因,具有T1SS分泌系统和T3SS分泌系统。比较基因组学研究表明,HL1506菌株与参考菌株M、MB2、E11和Europe基因组相比,有3 948个共有基因,而该菌株的特有基因为242个。根据共有基因构建系统发育树,结果表明HL1506菌株与人源海分枝杆菌M株和鱼源海分枝杆菌MB2株聚为一枝,这表明它们之间的亲缘关系较近,同时也表明HL1506菌株有感染人的潜在可能。综上,患病花鲈为海分枝杆菌感染,并且有典型的结节症状。海分枝杆菌HL1506基因组与人源菌株有较高的相似性,这表明该菌株对人的健康有潜在的威胁。
西藏温泉蛇血红蛋白高原低氧适应性分子机制研究
齐建伟;黄海霞;赵飞;张晓玮;周晓雷;鲁松松;本文结合基因组学、分子进化以及计算生物学等分析方法，对西藏温泉蛇(Thermophis baileyi)血红蛋白(hemoglobin,Hb)基因家族成员、基因簇结构和蛋白质结构等进行研究，探索西藏温泉蛇对高原低氧环境适应的分子机制。结果显示，西藏温泉蛇基因组中包含2个α珠蛋白基因和2个β珠蛋白基因，其中β珠蛋白基因簇高度保守，αA珠蛋白基因在有鳞目祖先分化及形成蛇类和蜥蜴类的过程中发生了基因转座事件，转座后在蛇类中的排列模式为(5′-RREB1,SSR1,αA,RIOK1,DSP-3′)。西藏温泉蛇αD和β2基因分别有2个和4个潜在的正选择位点，其中αD亚基p.Arg9Lys和p.Val36Thr突变使得该亚基血红素口袋体积增大和亲水性升高，这有利于提高O2的运输效率。β2亚基p.Ser53Asn突变导致血红素口袋的亲水性升高，p.Ile112Leu、 p.Thr135Cys和p.Ala139Ser突变使得β2亚基内部稳定性升高，这有利于相应蛋白质亚型在红细胞中的积累。另外，与剑纹带蛇(Thamnophis sirtalis)相比，西藏温泉蛇(αDβ2)2亚型αβ/αβ间盐桥和氢键数量明显减少，使得T-R态的转变过程易发。综上，西藏温泉蛇αD和β2基因正选择突变导致的蛋白质构象和理化性质的变化可能会使得Hb相应亚型的氧亲和力升高，从而提高低氧条件下氧运输的效率。
银鲴肝脏转录组测序和功能分析
彭新亮;刘俊;赵良杰;郭旭升;本研究采用二代测序技术对银鲴肝脏组织转录组进行测序和基因功能分析。结果共获得7.55 Gb原始数据,组装后得到70 732条Transcript和43 346条Unigene,平均长度分别为1 173.01 bp和996.83 bp。对Unigene在Nr、GO和KOG数据库分别进行功能注释,分别有25 738 (59.38%)条、17 844 (41.17%)条、16 518(38.11%)条Unigene序列成功注释。经KEGG代谢通路分析可分5大类共175个代谢通路。转录组数据经鉴定共得到4 789个微卫星标记和462 621个单核苷酸多态性标记。上述工作为深入开展银鲴分子标记遗传育种和种质资源保护等研究提供了重要的基础数据。
基于DNA条形码技术的楠属和润楠属5种木材的识别
乔梦吉;陈柏旭;符韵林;楠属与润楠属的许多树种的木材都属于珍贵木材,这些木材的解剖构造特征非常相似,仅仅依据传统的识别方法难以将这些木材准确识别出来。通过采用分子生物学中的DNA条形码技术对5种来自于楠属和润楠属的木材进行分子鉴定,试图从分子水平识别5种木材。以楠属的闽楠(Phoebe bournei)、桢楠(Phoebe zhennan)、紫楠(Phoebe sheareri)和润楠属的建润楠(Machilus oreophila)、刨花润楠(Machilus pauhoi)为研究对象,采用Qiagen试剂盒法提取木材总DNA,并分别对5个树种的ycf3、psb C-trn S、rpo C1和ITS这4段DNA序列进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列的比对分析。测序分析所得5个树种的ycf3序列中,共有6个多态性位点,根据其差异可将桢楠、建润楠、刨花润楠从中区分出来,但是闽楠和紫楠之间不能区分。psb C-trn S序列的比对结果显示共有7个多态性位点,可以将紫楠、建润楠和刨花润楠区分出来,但其余两个树种难以区分。5个树种的ITS序列仅有1个多态性位点,可以对两个属间进行区分,不能进行种间的区分。5个树种的rpo C1序列完全一致,不能用于区分这几个树种。综合来看,将ycf3和psb C-trn S这两段DNA条形码结合起来对比分析,可以将5种木材在分子水平区分开来。从5个树种的ycf3序列构建的系统发育树来看,几个树种基本可以正确聚类,作为区分几个树种的参考。
光合细菌在种植业上的应用研究近展
何若天;就光合细菌(PSB)在提高粮食、果蔬及多种经济作物的产量,并改善其产品质量,提高植物抗病毒能力,增强果实耐贮性,促进土壤有益微生物增殖,改善土壤理化结构,减轻农药对植物的毒害和降解残留农药中的作用等研究近况作了较全面的叙述,并对其作用原理作了简要分析。
宁夏引黄灌区苜蓿品种对土壤微生物数量及酶活性的影响
蔡伟;王焱;伏兵哲;李惠惠;贺自春;陈鹏安;摆志强;为了解宁夏引黄灌区苜蓿种植对土壤微生物、酶活性的影响及其变化规律,合理评价苜蓿人工草地对土壤培肥的影响提供理论依据,本研究对宁夏引黄灌区8个苜蓿品种种植5年后土壤微生物数量和酶活性进行了研究。结果表明,在宁夏引黄灌区苜蓿种植5年后土壤中的微生物数量和酶活性在苜蓿品种间及不同土层间存在显著差异(p<0.05)。在固原紫花地中土壤微生物数量和酶活性显著高于其它品种,在柏拉图、WL343HQ地中土壤微生物数量最少,且酶活性最低。所有苜蓿品种地中土壤微生物数量和酶活性均随土层深度的增加呈明显的降趋势。固原紫花对土壤肥力有较好的影响,而柏拉图和WL343HQ对土壤肥力的改善效果较差。
植物耐铝性机制的研究进展
何龙飞,王爱勤,刘友良,沈振国铝毒害是酸性土壤上作物生长的主要限制因素和森林大面积退化的重要原因。本文综述了近年来对植物耐铝性机制研究的进展 ,指出在植物体内存在多条耐铝性途径。
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子分型及流行现状
陈程;常佳伟;万佳宏;王曈;王桂琴;耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA)是一类重要的人畜共患病原菌,在全球范围内引起了相当高的发病率和死亡率。运用有效、可靠的分子分型技术对MRSA的分子流行病学特征进行调查分析,将非常有助于MRSA感染性疾病的防控和治疗。本研究对MRSA的多种分子分型技术的原理和方法学评价以及流行现状进行了概述,为MRSA的分子流行病学研究提供了一定的参考依据;本研究指出每种分型方法都有其特有的分型优势,同时又具有分型限制性。在对MRSA菌株进行分型分析时,应该根据现实需要选择多种分型方法对菌株进行多方位研究,保证分型结果的可靠性,为MRSA的分子流行病学分析提供更加准确详实的依据。