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优化的Native PAGE蛋白回收方法在AFM中的应用
刘美君;沈轶;Daniel M Czajkowsky;原子力显微镜(AFM)可以在生理条件下获得生物大分子的自然结构信息而不需要进行图像处理。虽然对含有大小范围不一的异质样品成像可以得到几纳米的分辨率,但是具有更高的亚纳米级分辨率的图像仅可以从含有单一亚基数目的高度均一的蛋白复合物获得。在重组蛋白的制备中这种蛋白复合物经常不存在,尤其是对于膜蛋白则更具有挑战性。本研究中,研究者以一种熟知的膜成孔蛋白复合物Perfringolysin O(PFO)作为模型系统,研制出一种方法来分离含有单一亚基数目的复合物,并用于随后在液相的AFM成像。具体而言,研究人员通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(Native PAGE)分离出该复合物中特定大小的蛋白成分,然后提取时采用一种新方法使结构完整保持。预计这种方法不仅对更多其他蛋白的高分辨率AFM研究有效用,而且在基于单分子方法和生物技术应用的研究上有更普遍的用途。
浙江乐清铁皮石斛rDNA ITS序列的克隆及序列比对
周倩;蒋贤慧;杨晶晶;高必达;为判断浙江乐清铁皮石斛(Zhejiang Dendrobium officinale)与石斛属(Dendrobium)其它物种的亲缘关系,本文提取了该石斛鲜样的DNA,利用真核生物ITS序列通用引物ITS4/ITS5进行了扩增,并将扩增产物连接转化至大肠杆菌,在对阳性克隆测序。将得到的序列与GenBank上我国石斛属12个组中34个种的rDNAITS进行了比对,并在此基础上构建了系统发育树。序列比对结果表明浙江乐清铁皮石斛的rDNAITS与黄石斛(D.tosaense)一致,其次与铁皮石斛(D.officinale)最相近,序列相似性99%。系统发育树也表明浙江乐清铁皮石斛的rDNAITS序列与黄石斛(D.tosaense)的相似程度高于其与铁皮石斛(D.officinale)的相似程度。本研究将为利用ITS序列鉴别石斛物种种属关系提供参考。
线纹海马源溶藻弧菌的分离、鉴定及药敏分析
雷美华;喻大鹏;邓国华;时少坤;黄浦江;鲁义善;冯卫权;为明确深圳某海马养殖基地线纹海马(Hippocampus erectus)突发性死亡病因,本研究从患病死亡线纹海马病灶组织分离到一株优势菌SZVA20190621,随后对分离菌的形态特征、生理生化特性、回归感染、16S r RNA基因进化及药物敏感性进行研究。结果显示,该菌葡萄糖产气、甘露醇、覃糖、蔗糖、氧化酶活性和MR等生理生化鉴定为阳性;与NCBI上溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus) KT986151具有98.16%的同源性;回归感染实验表明菌株SZVA20190621对线纹海马具有强致病性,LD50为3.73×105CFU/mL。综上结果,鉴定该菌为致病性溶藻弧菌。药敏结果显示,该菌株对头孢唑林、头孢噻吩、哌拉西林、大观霉素、阿米卡星、克拉霉素、克林霉素及呋喃妥因耐药;对氨曲南、头孢西丁、头孢呋辛、头孢曲松、卡那霉素、红霉素中度敏感;对头孢他啶、头孢噻肟、头孢哌酮、头孢吡肟、链霉素、妥布霉素、庆大霉素、复方新诺明、氯霉素等17种抗生素高度敏感。本研究为线纹海马养殖中溶藻弧菌病的防控提供一定的参考依据。
3株抗水稻和荔枝病原菌的海洋真菌的分离鉴定
黄庶识;许兰兰;黄曦;张荣灿;陈丽梅;雷富;李昆志;本研究采用平板对峙法和菌丝块法测定分离自广西北部湾的3株海洋真菌MF-3、MF-6和MF-13的抗荔枝和水稻病原菌抗菌活性,并通过形态学观察结合分子生物学方法鉴定其分类地位。结果表明,当采用平板对峙法时,3株海洋真菌对荔枝霜疫霉、炭疽病菌、水稻纹枯病菌和水稻稻瘟病菌等4种指示菌的菌丝生长均有强的抑制作用;菌丝块法试验结果发现3株真菌的发酵液均对荔枝霜疫霉菌有很好的抑制效果,菌丝相对生长抑制率分别达到94.29%、98.16%和86.37%,对水稻纹枯病病原菌抑制效果次之,其菌丝相对生长抑制率达到80%左右;其中,MF-3菌株对荔枝霜疫霉、炭疽菌、水稻纹枯病菌和水稻稻瘟病菌都有较好的抑制作用,MF-6对霜疫霉、水稻纹枯病菌和水稻稻瘟病菌也有较好的抑菌效果和广谱性。结合形态学观察和ITS rDNA序列比对分析,初步将MF-3鉴定为布雷正青霉(Eupenicillium brefeldianum),MF-6为微紫青霉(Penicillium janthinellum),MF-13为短棒曲霉(Aspergillus clavatonanicus)。耐盐度试验结果表明这3株真菌是适应海洋环境的兼性海洋真菌。该3株海洋真菌表现的抗真菌活性,对应用于荔枝或水稻病害的生物防治和新型农药的研发有潜在的应用价值。
团水虱不同生长阶段肠道微生物多样性分析
胡亚强;丁敬敬;黄勃;李溪宁;为了解团水虱不同生长阶段的肠道微生物多样性,采用Mi Seq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建团水虱幼体、稚体和成体三个生长阶段肠道微生物的16S r RNA基因测序文库,分析三个样品中的菌群组成和生物多样性。结果表明,成体(T1)、稚体(T2)、幼体(T3)三个生长阶段肠道微生物样品共产生794个OTU,分别含646个、686个和156个OTU。分析显示,共检测到25个细菌门类,其中包括变形菌门、拟杆菌门、梭杆菌门等3个优势菌门。变形菌门为三个样品的共同优势菌,在幼体、稚体和成体中分别占51.7%、55.1%和51.6%;拟杆菌门为稚体(30.21%)和成体(38.57%)的次优势菌门,在幼体肠道内低于5%;梭杆菌门在幼体体内占37.8%,是幼体的次优势菌门,但在稚体和成体体内均低于2%。幼体与其他两个生长阶段的肠道细菌群落结构差异显著,与稚体和成体的共有OTU数量,占检测到的OTU总数的比例均低于25%。其中稚体肠道细菌有着最高丰富度及多样性,其Chao指数为697.15、Shannon指数为4.69,最低的Simpson优势度指数为0.035 1,而幼体肠道细菌丰富度和多样性最低。研究结果表明,团水虱肠道菌群种类丰富,幼体肠道菌群种类及其多样性与稚体、成体差异明显;菌群变化与各生长阶段团水虱生活习性关系密切。
长链非编码RNA顺式调节作用机制的研究进展
李相如;黄迪南;侯敢;长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)种类众多,生物学功能复杂,与不同的分子相互作用,实现其特有的基因调控功能。可参与细胞核染色质结构的调控、m RNA的转录及转录后的加工运输、蛋白质的翻译等过程。此外,lncRNAs在邻近基因或靶基因的顺式调节机制中也发挥了重要作用,本综述主要对近年来lncRNAs通过顺式调节作用影响基因表达的机制进行综述。
浅谈用户健康信息学的现状及设想
裴雨晨;张堃;杨进;董靖;本文通过对用户健康信息学的起因和发展现状的基本介绍,提出了我国健康信息学未来发展体系的几点设想,即通过构建用户健康信息学体系的基本模型和展开用户健康信息学的科普宣传体系等方法,以方便更多人对健康信息学的理解和利用。
花鲈源海分枝杆菌的分离、基因组测序及比较基因组学研究
张德锋;潘磊;可小丽;刘志刚;潘厚军;石存斌;卢迈新;2015年,广州某养殖场的花鲈(Lateolabrax japonicus)发生细菌性病害,患病花鲈肝脏、脾脏和肾脏有典型的结节症状,病理组织分析表明,肝脏、脾脏和肾脏等器官组织中有大量肉芽肿,而且组织中分布大量抗酸的杆状细菌。从6尾患病花鲈内脏中分离到6株形态相似的菌落,然后对其中一株病原菌HL1506菌株进行基因组测序,分析结果表明该病原菌为海分枝杆菌(Mycobacterium marinum)。HL1506菌株的基因组大小为6.34 Mb,GC含量为65.68%,编码5 406个基因,具有T1SS分泌系统和T3SS分泌系统。比较基因组学研究表明,HL1506菌株与参考菌株M、MB2、E11和Europe基因组相比,有3 948个共有基因,而该菌株的特有基因为242个。根据共有基因构建系统发育树,结果表明HL1506菌株与人源海分枝杆菌M株和鱼源海分枝杆菌MB2株聚为一枝,这表明它们之间的亲缘关系较近,同时也表明HL1506菌株有感染人的潜在可能。综上,患病花鲈为海分枝杆菌感染,并且有典型的结节症状。海分枝杆菌HL1506基因组与人源菌株有较高的相似性,这表明该菌株对人的健康有潜在的威胁。
响应曲面法优化方格星虫多糖提取工艺
陈文;王湘君;邵东旭;李丽蓉;陈壮;孙宏元;陈慧;廖容容;为了优化提取方格星虫多糖工艺实验条件,本研究以海南三亚海域方格星虫为主要原料,用胰蛋白酶作为酶解酶,在单因素实验基础上,采取响应面法研究超声波辅助酶法提取方格星虫多糖最佳工艺条件;探讨了p H值、液料比、超声波时间、酶底比、超声波温度、超声波功率、反应时间等7个因素的交互作用及其最佳水平。结果表明在超声波辅助酶法提取方格星虫多糖的实验过程中,单因素的最佳条件酶底比为2.5%、温度为50℃、浸提时间为2 h、料液比为1:17 g/m L、超声时间为1 h、pH值为8、超声功率为960 W,多糖的最大提取率为3.24%。该方法实验条件要求不苛刻,浸提时间短,提取率高,是一项新的实验尝试,实验结果为优化方格星虫的多糖提取理论参考。
银鲴肝脏转录组测序和功能分析
彭新亮;刘俊;赵良杰;郭旭升;本研究采用二代测序技术对银鲴肝脏组织转录组进行测序和基因功能分析。结果共获得7.55 Gb原始数据,组装后得到70 732条Transcript和43 346条Unigene,平均长度分别为1 173.01 bp和996.83 bp。对Unigene在Nr、GO和KOG数据库分别进行功能注释,分别有25 738 (59.38%)条、17 844 (41.17%)条、16 518(38.11%)条Unigene序列成功注释。经KEGG代谢通路分析可分5大类共175个代谢通路。转录组数据经鉴定共得到4 789个微卫星标记和462 621个单核苷酸多态性标记。上述工作为深入开展银鲴分子标记遗传育种和种质资源保护等研究提供了重要的基础数据。