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期刊简介
《基因组学与应用生物学》(ISSN1674-568X，CN45-1369/Q)是由广西大学主管和主办，国内外公开发行的科技期刊（双月刊），为北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》入编期刊、中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊、科技期刊世界影响力指数（WJCI)报告来源期刊和中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）。
《基因组学与应用生物学》主要刊登植物、动物和微生物基因组学、转录组学、蛋白组学和代谢组学等组学，分子医学、现代生物技术等应用生物学研究的未发表的创新性研究成果，以及上述领域的综述论文。
颗粒细胞凋亡导致早发性卵巢功能不全的调控机理研究进展
蒋蓉;苏晶晶;隋世燕;早发性卵巢功能不全(primary ovarian insufficiency,POI)是一种由多种因素引起的以内分泌改变为特征的疾病，其发生与颗粒细胞(granulosa cell,GC)凋亡调控失衡密切相关。GC过度凋亡会破坏卵泡微环境稳态，加速卵泡储备耗竭，进而诱发卵巢功能减退及内分泌失调，最终导致POI。全球女性POI患病率已达3.5%～3.7%，并且出现早龄化现象，现已成为全球日益严重的公共卫生问题。目前普遍认为，POI的病因涉及遗传、免疫、医源性以及环境等多种因素，但具体的病理生理分子机制仍未完全阐明，尤其是GC凋亡在POI发生发展过程中的具体调控机制仍需深入探索。因此，本文从表观现象及外部致病因素、经典调控通路、跨通路整合机制三个层面展开综述，系统阐述了通过调控线粒体途径、死亡受体途径、内质网应激通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、激素相关的信号通路等不同的信号通路诱导或抑制GC凋亡，最终对POI产生影响的机制，并探讨了线粒体自噬与卵巢GC凋亡之间的复杂生理关系、非编码RNA[主要是微小RNA(microRNA,miRNA)]以及表观遗传学调控与转录因子在其中的调控机理。这些发现不仅为POI病理生理过程中的分子机制提供了新的见解，也为将来疾病的诊断和治疗提供了新的靶点和思路。
普雷沃氏菌与宫颈癌:阴道微生态与HPV感染的交互作用
张贝;李晓乐;曹玉会;马建秀;郭忠;赵晋;宋雷;普雷沃氏菌(Prevotella)是一类广泛存在于人类微生物群中的厌氧菌，近年来的研究显示其在女性生殖健康中的重要性。宫颈癌是全球范围内常见的一种恶性肿瘤，其发生与多种因素密切相关。近年来，研究逐渐揭示了阴道微生态失衡与人乳头瘤病毒(human papilloma virus,HPV)感染之间的复杂关系，普雷沃氏菌作为阴道微生物群的重要组成部分，在这一过程中发挥关键作用。本文系统综述了普雷沃氏菌在宫颈癌发生发展中的潜在作用，重点探讨了其丰度变化与HPV感染之间的相互作用。本文通过对现有研究的综合分析，揭示了普雷沃氏菌可通过调节宿主免疫反应和影响阴道微生态平衡等途径参与宫颈癌发病机制。这些发现不仅为理解普雷沃氏菌与宫颈癌的关联提供了新的理论视角，也为宫颈癌的早期预防、临床诊断和靶向治疗策略的开发提供了重要的科学依据。
油茶根系功能性状及其土壤环境适应性机制研究进展
司想;蔡娅;刘凯;李月娟;陈梦秋;马锦林;李在留;油茶(Camellia spp．)作为中国特有的木本油料树种，在保障食用油安全、生态修复和碳汇经济中具有不可替代的战略地位。然而，当前油茶产业发展仍存在诸多制约因素，主要包括非生物胁迫(干旱、低磷等土壤逆境)和生物胁迫(炭疽病等病虫害)影响油茶产量与品质的稳定性，产业基础薄弱的问题也较为突出，共同限制了油茶产业的可持续发展。根系作为植物感知和响应土壤环境胁迫的核心器官，其功能性状可塑性成为油茶适应逆境的关键环节。本文在综述油茶根系基本特性及功能性状的基础上，系统整合近年来基于多组学、生物信息学及田间试验的研究成果，重点聚焦水分胁迫、养分胁迫及微生物互作等关键环境因子对根系功能的调控机制，梳理构建了以低磷胁迫响应为核心的多因子互作调控框架，研究明确了油茶根系响应土壤环境信号的关键功能基因，包括氮代谢相关基因(NR、NiR)、磷转运与响应基因(Co Pht1; 1、Co Pht1; 2、Co Pht1; 3、Co Pht1; 4、Co PHR1、Co PHR2)、硼转运基因(Co BOR1、Co BOR2)及有机酸代谢相关基因(Co ALMT、Co ALMT9、Co CS)等，最终揭示了油茶“土壤环境信号-基因模块-功能性状-产量形成”的级联调控网络，可为油茶分子设计育种与精准栽培技术研发提供重要理论支撑。
芒果U6启动子的筛选与转录活性分析
黄楚婷;张月星;吴思念;包若煊;何新华;罗聪;U6启动子是成簇规律间隔短回文重复序列及其相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9,CRISPR/Cas9)基因组编辑系统中驱动向导RNA(single guide RNA,sgRNA)转录的启动子，其转录活性受物种特性和序列长度的影响，目前芒果(Mangifera indica) U6启动子尚未被鉴定。本研究基于‘四季蜜芒’基因组数据，利用拟南芥(Arabidopsis thaliana) U6启动子保守序列从芒果基因组中筛选出7个U6启动子序列，其保守区域全长均为102 bp，序列比对发现，芒果MiU6启动子的保守序列与拟南芥At U6、苹果(Malus domestica) MdU6、橡胶树(Hevea brasiliensis) pro Hb U6以及番茄(Solanum lycopersicum) Sl U6的启动子序列高度相似，但侧翼序列差异较大。构建以MiU6启动子驱动β-葡萄糖醛酸酶报告基因(β-glucuronidase reporter gene,GUS)的融合表达载体，利用花序侵染法转化野生型拟南芥。GUS染色和酶活鉴定结果显示，4个MiU6启动子(MiU6-2P-1、MiU6-6P-1、MiU6-6P-3和MiU6-7P-2)成功驱动GUS报告基因在拟南芥中表达，其中MiU6-6P-3转录活性最高，其次是MiU6-7P-2和MiU6-2P-1。进一步在转基因烟草(Nicotiana tabacum)和芒果叶片中进行瞬时表达，检测发现MiU6-6P-3和MiU6-7P-2的GUS活性较高。结合以上三种不同的转基因植株GUS活性检测结果，优先推荐使用MiU6-6P-3作为U6启动子，其次是MiU6-7P-2。本研究为构建芒果CRISPR/Cas9基因组编辑系统筛选了候选的U6启动子。
核桃JrSnRK基因家族全基因组鉴定及非生物胁迫后的表达分析
赵奇龙;王斌;骆翔;赵钰;韩立群;阿不都苏甫尔·吾甫尔江;马凯;全绍文;蔗糖非发酵-1相关蛋白激酶(sucrose non-fermenting-1 related protein kinase,SnRK)基因在植物中广泛分布，其编码的蛋白激酶通过磷酸化作用调节靶蛋白活性，从而协调多种生理信号通路，在植物应对胁迫过程中发挥关键作用。本研究利用生物信息学方法，筛选并鉴定了核桃(Juglans regia) Jr SnRK基因家族成员，分析了其理化性质、染色体定位、进化关系和基因表达模式等。结果表明，在核桃中共鉴定到40个Jr SnRK基因家族成员，并将其分为3个亚家族，每个亚家族中分别含有2个Jr SnRK1、13个Jr SnRK2和25个Jr SnRK3成员，蛋白质氨基酸序列长度在267～940 aa之间。40个Jr SnRK基因家族成员不均匀地分布在15条染色体上，核桃Jr SnRK基因中的顺式作用元件脱落酸响应元件(abscisic acid-responsive element,ABRE)占比最高，为50.3%; 40个Jr SnRK基因家族成员在15条染色体上形成26对共线性关系;在脱落酸、盐胁迫和干旱处理后，Jr SnRK2.2、Jr SnRK3.13与Jr SnRK3.19等基因稳定高表达，表明它们在核桃逆境响应中具有重要调控作用，可作为抗逆分子育种中的关键候选基因。
